A. Jalur Prestasi
Jalur prestasi diperuntukkan bagi siswa dengan prestasi dibidang akademik, non akademik, dan Tahfidzul Qur'an. Bagi siswa yang memenuhi kualifikasi/persyaratan pada jalur prestasi akan dibebaskan tes tertulis dan secara langsung dinyatakan DITERIMA sebagai siswa SMP Sains Al-Qur'an dilanjutkan dengan melakukan wawancara siswa dan wali.
Adapun persyaratan jalur prestasi sebagai berikut :
1. Jalur Akademik
Diperuntukkan bagi pendaftar yang memiliki prestasi dibidang akademik dikelas minimal rangking 1-5 di kelas 4-6 SD, dibuktikan dengan fotocopy rapor dan atau menjuarai olimpiade sains dan teknologi minimal tingkat kabupaten/kota, dibuktikan dengan fotocopy sertifikat kejuaraan.
2. Jalur Tahfidzul Qur'an
Diperuntukkan bagi siswa dengan prestasi Tahfidzul Qur'an (minimal 3 Juz) dengan menyertakan surat keterangan tahfidz dan jumlah hafalan dari sekolah atau lembaga tahfidz yang diikuti.
3. Jalur Non Akademik
Diperuntukkan bagi pendaftar yang memiliki prestasi dibidang bahasa, seni, dan olahraga. Dengan ketentuan menjuarai perlombaan bidang bahasa, seni, atau olahraga minimal tingkat kabupaten/kota, dibuktikan dengan fotocopy sertifikat kejuaraan.
B. Jalur Reguler atau Mandiri
Jalur tertulis dilaksanakan di SMP Sains Al-Qur'an secara mandiri meliputi :
Tes tulis (tes potensi akademik, matematika, bahasa Inggris dan pengetahuan umum), tes lisan (baca Al-Qur'an, hafalan surat pendek, bahasa Inggris dan wawancara (siswa dan wali).
